10x Genomics Visium CytAssist空間轉(zhuǎn)錄組測序
10x Genomics Visium CytAssist Spatial Gene Exprssion
Visium FFPE 空間基因表達(dá)分析將組織學(xué)技術(shù)的優(yōu)勢與RNA測序的高通量和發(fā)現(xiàn)能力融入FFPE組織樣本中，可對病理學(xué)家主導(dǎo)的傳統(tǒng)分析進(jìn)行補(bǔ)充。它能夠以高分辨率對整張組織切片進(jìn)行分析，從空間上分析人和小鼠FFPE樣本中超過18,000個(gè)基因的RNA表達(dá)。通過全轉(zhuǎn)錄組分析能夠檢測任何通路中的任何基因，分辨組織異質(zhì)性，并在形態(tài)背景下揭示各種細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)的空間分布。還可以結(jié)合免疫熒光（IF），同時(shí)觀察蛋白質(zhì)和基因表達(dá)。
技術(shù)原理
1. 空間位置標(biāo)記 Visium的空間基因表達(dá)芯片有2-4個(gè)捕獲區(qū)。每個(gè)捕獲區(qū)域?yàn)?.5x6.5mm（或11x11mm）。捕獲區(qū)有~5000（或14000）個(gè)基因表達(dá)spot點(diǎn)，每個(gè)點(diǎn)包括標(biāo)記空間位置的Spatial Barcode，以追溯RNA來源位置信息。
2. 全基因組探針捕獲 同單細(xì)胞Fixed RNA方案，CytAssist空轉(zhuǎn)也使用全基因組探針靶向雜交捕獲的方式，探針由左右臂組成，只有左右臂同時(shí)靶定目的區(qū)域才能進(jìn)行連接被膠珠上的Poly(dT)VN捕獲。
基于以上兩點(diǎn)，單鏈連接產(chǎn)物在RNase處理和透化后從組織中釋放出來，然后在空轉(zhuǎn)載玻片上被捕獲。一旦連接產(chǎn)物被捕獲，探針經(jīng)過延伸后被添加上UMI、Spatial Barcode和TruSeqRead1。最終生成帶有空間條形碼的探針產(chǎn)物，繼續(xù)用于測序文庫的制備。
注意事項(xiàng) 暫時(shí)僅可支持人和小鼠，若需要做其他物種，可聯(lián)系我們做新鮮速凍組織空轉(zhuǎn)（一代）。
實(shí)驗(yàn)流程
數(shù)據(jù)分析
分析流程
分析結(jié)果展示
Space Ranger分析 細(xì)胞聚類分析 細(xì)胞類型注釋
marker 基因熱圖 功能富集分析 擬時(shí)分析
產(chǎn)品優(yōu)勢
研究方向
送樣要求
