1. 形成GEMs 基于微流控芯片形成油包水（GEMs），每個油包水內(nèi)含有一個細胞、一個gel bead以及逆轉錄需要的引物試劑和酶等，單個GEM內(nèi)可進行獨立逆轉錄反應互不干擾。 

2. 標記細胞和RNA分子 Gel bead上帶有標簽，GEMs進行逆轉錄，可將10x barcode（10x BC，用來標記細胞)、UMI（標記本底RNA進行定量）加在每個mRNA分子上。

實驗流程

     血液/組織   單細胞/核懸液                          GEMs形成             文庫構建                  測序                      數(shù)據(jù)處理               數(shù)據(jù)可視化分析

數(shù)據(jù)分析

   

研究方向

文獻案例

論文標題：Allosteric inhibition reveals SHP2-mediated tumor immunosuppression in colon cancer by          single-cell transcriptomics 

中文標題：通過單細胞轉錄組學變構抑制揭示結腸癌中SHP2介導的腫瘤免疫抑制 

發(fā)表期刊：Acta pharmaceutica Sinica. B     

發(fā)表時間：2022年1月 影響因子：14.5                                       

技術方法：scRNA-seq 研究單位：南京大學生命科學學院

主要研究內(nèi)容：研究者利用小鼠腫瘤組織進行了單細胞RNA 測序，以探索 SHP2 在小鼠 MC38 異種移植物腫瘤微環(huán)境(TME)的所有細胞類型中的作用。研究表明，腫瘤內(nèi)細胞被發(fā)現(xiàn)具有功能異質性，并且對 SHP099（一     種 SHP2 變構抑制劑）有顯著反應，SHP099顯著抑制了腫瘤細胞的惡性進化。

總的來說，研究數(shù)據(jù)揭示了 SHP2 介導的先天免疫抑制機制，表明 SHP2 是結腸癌免疫治療的一個有希望的靶點。 單細胞測序有助于理解細胞異質性，揭示生物發(fā)育的細胞命運決定和差異化路徑。

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