1. 形成GEMs 基于微流控芯片形成油包水（GEMs），每個(gè)油包水內(nèi)含有一個(gè)細(xì)胞、一個(gè)gel bead以及逆轉(zhuǎn)錄需要的引物試劑和酶等，單個(gè)GEM內(nèi)可進(jìn)行獨(dú)立逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)互不干擾。 

2. 標(biāo)記細(xì)胞和RNA分子 Gel bead上帶有標(biāo)簽，GEMs進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，可將10x barcode（10x BC，用來(lái)標(biāo)記細(xì)胞)、UMI（標(biāo)記本底R(shí)NA進(jìn)行定量）加在每個(gè)mRNA分子上。

實(shí)驗(yàn)流程

     血液/組織   單細(xì)胞/核懸液                          GEMs形成             文庫(kù)構(gòu)建                  測(cè)序                      數(shù)據(jù)處理               數(shù)據(jù)可視化分析

數(shù)據(jù)分析

   

研究方向

文獻(xiàn)案例

論文標(biāo)題：Allosteric inhibition reveals SHP2-mediated tumor immunosuppression in colon cancer by          single-cell transcriptomics 

中文標(biāo)題：通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)變構(gòu)抑制揭示結(jié)腸癌中SHP2介導(dǎo)的腫瘤免疫抑制 

發(fā)表期刊：Acta pharmaceutica Sinica. B     

發(fā)表時(shí)間：2022年1月 影響因子：14.5                                       

技術(shù)方法：scRNA-seq 研究單位：南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

主要研究?jī)?nèi)容：研究者利用小鼠腫瘤組織進(jìn)行了單細(xì)胞RNA 測(cè)序，以探索 SHP2 在小鼠 MC38 異種移植物腫瘤微環(huán)境(TME)的所有細(xì)胞類(lèi)型中的作用。研究表明，腫瘤內(nèi)細(xì)胞被發(fā)現(xiàn)具有功能異質(zhì)性，并且對(duì) SHP099（一     種 SHP2 變構(gòu)抑制劑）有顯著反應(yīng)，SHP099顯著抑制了腫瘤細(xì)胞的惡性進(jìn)化。

總的來(lái)說(shuō)，研究數(shù)據(jù)揭示了 SHP2 介導(dǎo)的先天免疫抑制機(jī)制，表明 SHP2 是結(jié)腸癌免疫治療的一個(gè)有希望的靶點(diǎn)。 單細(xì)胞測(cè)序有助于理解細(xì)胞異質(zhì)性，揭示生物發(fā)育的細(xì)胞命運(yùn)決定和差異化路徑。

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